该遗产包括 30 多个岛屿，分为三组，占地面积 7,939 公顷。这些岛屿拥有各种景观，是众多动物的家园，包括极度濒危的蝙蝠小笠原狐蝠和 195 种濒临灭绝的鸟类。岛上记录了 441 种本土植物，其水域养育着众多鱼类、鲸类和珊瑚。小笠原群岛的生态系统反映了一系列进化过程，其植物物种来自东南亚和西北亚，还有许多特有物种。