天坛几百年的历史，成就了众多奇异古柏，成为天坛的一大特色。这里既有明永乐年建坛时所植近600岁的侧柏，也有金中都“朝日大明坛”（日坛）遗存的少量树龄为800多年的古侧柏，以及清乾隆年间种植的柏树，树龄短的也有300多年了。这些古柏历经几百年的风风雨雨，形状各异，人们在围绕古树展开想象的同时，也赋予古树人或神的性格，创作出“九龙柏的传说”“天坛古柏林与佛肚柏的故事”“槐娘和柏郎”等美丽的传说故事。

所有的传说中，知名度最高的莫过于“甘泉井是怎么来的”和“天坛益母草的传说”，只因为甘泉井和益母草是天坛里特有的、独一无二的。《燕京今古琐闻》中有“北京著名水井之略历”一节，特别描写了天坛甘泉井。清诗人王士祯做诗“京师土脉水甘泉，顾渚春芽枉费煎。只有天坛石甃好，清波一勺买千钱。”清吴长元著《宸垣识略》、清乾隆年间汪启淑著《水曹清暇录》以及清道光时所著《鸿雪因缘图记》对天坛益母草有过详细的描述。天坛益母草更是北京人口口相传的故事。清宣统时的内务大臣金梁在《天坛志略》中也说，天坛内曾有益母草、沙参、天门冬、伞儿草四种特产的药材，其中以益母草最著名，专治妇科各病。明永乐年后，神乐署的道士把野生的东陵益母草，移到天坛里面种植，使其在天坛生长起来。他们把草熬成膏出售，成了闻名中外的“天坛益母草膏”。在民间，人们把这一过程演绎出了“天坛益母草的传说”和“苗笛仙和天坛益母膏”的故事。