明清时期，太庙祭祖有着严格的规制和礼法，内容繁杂而细致，主要包括祭祖祭享制度、功臣配享制度、加封名号制度、昭穆制度、祭祭品制度、后妃庙制等。

　　祭祖祭享制度，主要有祫祭和时享两种形式，祫祭是集合皇帝远近祖先的神主牌位于太庙合祭，明清时期一般于每年岁末举行，也有春秋两祭。时享即四时之享，分别于春季的清明、夏季的端午、秋季的中元、冬季的冬至举行。

　　祭祀的礼仪繁复隆重，以祫祭为例，正祭于午时开始，各宗庙帝后的神位将被迎接到太祖庙内，皇帝入殿就位，分献官及百官就位，礼乐官指挥敲钟奏乐，乐舞生高唱祭祀之曲并伴之以舞，仪仗整肃、钟鼓齐鸣、韶乐悠扬，皇帝率百官行三跪九拜大礼，代表天下百姓表达对先祖神灵的敬意，为国之未来、天下苍生祈福许愿。功臣配享制度，是宗庙祭祀的一种礼制，天子为劝勉臣下效忠，按照功臣生前职位高低、功绩大小分别设立神主。太庙配享主要在享殿的东西配殿，东配殿供奉满清有功亲王的牌位，包括代善、多尔衮、奕诉等十三人；西配殿供奉满蒙汉文武功臣牌位，包括张廷玉、僧格林沁等十三人。

　　加封名号制度，一般包括尊号、谥号、庙号等。