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奄美大岛、德之岛、冲绳本岛北部、西表岛
该系列遗址位于日本西南部，覆盖了四个岛屿上的 42,698 公顷亚热带雨林，形成东海和菲律宾海边界上的弧形，其最高点是奄美大岛的汤丸岳，海拔 694 米。该遗址完全无人居住，具有很高的生物多样性价值，特有物种比例非常高，其中许多是全球濒危物种。该遗址是特有植物、哺乳动物、鸟类、爬行动物、两栖动物、内陆水鱼和十足类甲壳动物的家园，例如濒临灭绝的奄美兔 (Pentalagus furnessi) 和濒临灭绝的琉球长毛鼠 (Diplothrix legata)，它们代表着古老的血统，在世界上任何地方都没有现存的亲属。该遗产地内的五种哺乳动物、三种鸟类和三种两栖动物已被全球认定为进化独特和全球濒危 (EDGE) 物种。此外，每个岛屿上还存在许多不同的特有物种，这些物种在该遗产地的其他地方是找不到的。
白神山地
这片人迹罕至的地区位于本州岛北部的山区，包括西博尔德山毛榉树的冷温带森林的最后原始遗迹，这些森林曾经覆盖着日本北部的丘陵和山坡。黑熊、鬣羚和 87 种鸟类可以在这里栖息在这片森林里可以找到。